2043年7月1日，犯罪头目犯罪大王（卢惠光饰）被捕。一星期后，铁面无私的法官余铁雄（张卫健饰）主审此案。然而，犯罪大王特派其黑社会手下健（郑伊健饰）返回50年前，企图找到铁雄并洗脑他，令他无法进行审判。政府得知后派遣飞龙特警铁面（刘德华饰）、扫帚头（张学友饰）及发达星（任达华饰）返回1993年保护铁雄。当时，大雄是一名长期留级的中学生，经常受到同学余忌安（许志安饰）的欺负和暴力拳打脚踢。唯一真心关心他的人是女友采妮（杨采妮饰）。飞龙三特警混入学校，扫帚头变成老师，铁面假扮大雄的同学，星则成了大雄的跟班。他们帮助大雄打败忌安，并试图找到铁雄的下落，但大雄并不知道铁雄的存在。同时，健也混入学校，假扮老师。另一边，大雄的母亲打算和余的理查德再婚。最终，飞龙特警能完成任务吗？