《玛丽与魔女之花》讲述了夏日里红发女孩玛丽（杉咲花 配音）被送到乡间度假，却感到不适应。与调皮男孩彼得（神木隆之介 配音）产生冲突，令玛丽难以快乐。在一次林间探险中，玛丽发现了传说中的魔法之花“夜间飞行”，并得到了一把破扫帚。当这把魔法扫帚把她带到恩德学园时，玛丽成为了魔法学员，邂逅了曼布勒切克女士（天海佑希 配音）和怪模怪样的D博士（小日向文世 配音）。玛丽很快发现了学园所隐藏的秘密。该片改编自英国儿童文学小说，是米林宏昌离开吉卜力工作室后制作的第一部动画长片。