在黑夜中，一位间谍潜入了日本警方某机构，盗走了保存有多个国家谍报机构关键信息的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）和该间谍展开了激烈追逐，最终，逃犯的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和朋友们前往东都水族馆游玩，意外地发现了一个受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。这位女子失忆了，手机也被摔坏了，柯南等人答应帮助她恢复记忆。然而，黑衣组织的成员贝尔摩德（小山茉美 配音）一直在暗中观察着这一切。随着女子技能的恢复，她的非凡身手和奇异的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）产生了怀疑。原本祥和的水族馆，以及快乐的游客，没想到他们很快就被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……