由于阿笠博士家的浴室出现故障，江户川柯南和小兰、灰原哀一起去大众浴池洗澡。期间，柯南不小心摔倒并撞到头部，被两名神秘的陌生人带走。事后，娜娜和神秘杀手近藤将失去记忆的柯南带到某个别墅，并伪装成他的父母，而阿笠博士和灰原则遭遇车祸。娜娜所属的一个犯罪团伙计划制造一起炸弹恐怖袭击。同时，水岛早苗怀疑丈夫近藤有外遇，找毛利小五郎调查。时间过去，险恶的阴谋浮出水面…… 这部电影是为庆祝《名侦探柯南》漫画连载二十周年而制作的特别企划，由《盗钥匙的方法》导演/编剧内田贤治负责编剧，香川照之和广末凉子为自己的角色再度配音。