2029年3月某日，一群经过大规模义体改造的武装分子入侵某国大使馆，众多外国使节及其家属被绑架，形势十分紧急。草薙素子召集巴特、陀古萨等得力手下，制定了周密的营救计划。然而，当计划按部就班进行时，意外却突然发生。同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相被密码箱炸弹暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹也在爆炸中丧生。经过缜密调查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络上蔓延，而她的身世居然与一连串的事件有着密切关系。在危急关头，阴谋再次浮出水面……本片改编自士郎正宗同名原作，是为纪念《攻壳机动队》诞生25周年而制作的。