“杰森·伯恩事件”引起连锁反应，揭露了Treadstone计划和CIA用药物控制特工的行径，此事在报纸上公开披露，让幕后人物坐卧不安。为了避免情况恶化，CIA高层停止了该计划，并开始清除涉及该计划的特工和科学家。此后，那些依赖蓝绿药丸执行秘密任务的特工逐渐死亡，而执行清除任务的前美国空军上校艾瑞克·贝尔（爱德华·诺顿饰）则将目光投向隐藏在阿拉斯加的特工艾伦·克劳斯（杰瑞米·雷纳饰）。在袭击中艾伦得知自身处境危险，为了生存他必须躲避同伴的追杀，同时找到源源不断提供体能和智力的蓝绿药丸......