哥斯拉落入三原山之后，日本5年来一直过着平安的生活。但是自卫队为了防患于未然，决定利用哥斯拉的细胞制造抗核细菌(ANB)和改造曾与哥斯拉战斗中摧毁的超级武器“超X”为“超X2”。不料，哥斯拉竟然开始在三原山活动，导致日本关东地区频繁地震和白神博士女儿细胞与玫瑰细胞混合的植物死亡。为此，白神博士加入了ANB计划。他将哥斯拉细胞混合女儿和玫瑰细胞的植物结合制造了不死植物碧奥兰蒂，但在一次事件中，碧奥兰蒂被释放并在芦之湖变得巨大。同时，三原山爆发了，哥斯拉再次出现，自卫队无法阻止他向东京前进。后来，“超X2”出击使哥斯拉改变了移动方向，但在哥斯拉的攻击下还是失败了。意外的是，哥斯拉竟朝着碧奥兰蒂的位置前进......