十多年前，“九尾妖狐”这只拥有巨大威力的妖兽袭击了木叶忍者村。当时的第四代火影以自己的生命为代价，拼尽全力将其封印在了刚出生的鸣人身上。尽管木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成了像“九尾妖狐”那样的怪物，所有人都疏远他。自小就孤苦无依的鸣人，成长到少年时考入了木叶村的忍者学校，并结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一，而当他还是小孩子的时候，他的哥哥已经拥有高超忍术的忍者将他们家族的人都杀死了，然后投靠了一直想将木叶村毁灭的大蛇丸。佐助从小就发誓一定要超越他的哥哥，为家族报仇。在忍者学校里，鸣人和他们得到了教官卡卡西的精心指点，因此，在卡卡西的帮助下，他们去迎接成长中的挑战。