赛菲罗斯事件已经过去两年，人类幸免于巨大陨石的灾难之后，开始致力于重建家园。曾经辉煌的城市虽然遭受了重创，但人们不屈不挠地继续着这项艰苦的工作。然而，世界上却出现了名为“星痕症候群”的神秘疾病，正在不断地蔓延。为了寻求救治，蒂法·洛克哈特决定寻找拯救世界的英雄克劳德。可是，当她找到他时，却发现他已经成了一个郁郁寡欢、沉浸在艾利斯之死阴影下的落魄男子。就在此时，出现了由继承赛菲罗斯遗志而组成的白发三人组。文森特再次挥起双枪，守护着人们的安全。那么，世界的英雄克劳德，还能否重新振作起来，捍卫这个世界呢？