柯南和小五郎带领大队人马来到太平洋中的神海岛，这座美丽的小岛自古以来就有“海底宫殿”沉没和300年前女海盗留下的宝藏传说。小兰和园子在海底附近潜水时遇到了一群正在寻找宝藏的猎人，不幸其中一人被鲨鱼攻击身亡。柯南调查后认为猎人之死与宝藏传说有关，他试图解开“海底宫殿”谜题的秘密。在找到神秘的“Jolly Roger（海盗旗）”之后，猎人突然现身，并偷走了已经发现的宝藏。小兰和园子陷入危险之中，柯南必须穿越300年的时光，逐渐解开这个谜题。