文政三年，倒幕派战胜佐幕派，结束了刀剑时代，进入了幕末时代。堀川国广和曾被用作战斗武器的和泉守兼定在雨中奔跑。在审神者的激励下，刀剑男士开启了付丧神之路，并致力于打倒企图改变历史的时间溯行军，以守护“正确的历史”。与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切和鹤丸国永等新伙伴一起，他们投身于与时间溯行军的战斗中。刀光剑影，刀剑男士即刻出阵。