“第二次冲击”后，大灾难袭击了世界，残余的世界在废墟上逐渐重建。碇真嗣，一个14岁的少年，被他的父亲碇元渡叫到第3新东京市。当他期待着与他的父亲团聚时，他却看到了一个名为“使徒”的巨型生物正在与军队交战。危机时刻，特别机构NERV的葛成美里将真嗣救了出来，并将他带到了碇元渡所领导的NERV总部。然而，当真嗣到达时，他的父亲命令他驾驶一台名为“EVA”的巨型人型机器人与使徒作战。尽管真嗣已经表示拒绝，但当他看到受伤的替补驾驶员绫波丽时，他决定遵从他父亲的命令。就这样，一个从未接受过任何战斗训练的少年准备驾驶一号EVA迎战使徒。世界的命运似乎正寄托在这个14岁的少年身上，而“人类补完计划”也开始展开了。虽然碇元渡掌握着一切答案，但他仅仅保持着冷静的观察态度，似乎所有事情都早已写好了一般。