绫波丽，神秘的EVA零号机驾驶员，在与碇元度约定后，来到了位于NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎将在此结束。在此危急时刻，葛城美里要完成加持良治交待的任务，探查“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”，并保护碇真嗣和明日香，防备SEELE对初号机和二号机的物理接触。赤木律子出于对碇元度的憎恨，接受了SEELE引爆MAGI的提案，她的成功与否还不确定。碇元度、冬月耕造、碇唯长期与SEELE共事，为防止人类“最终的悲剧”，酝酿了“人类补完计划”，能否实现也成为了未知数。想了解更多，请观看《新世纪福音战士》电影版第2部。