工藤新一是一位著名的高中生侦探，他在追查黑衣人犯罪团伙时不幸被发现，喝了神奇药水变成了小孩。为了防止团伙报复，他决定隐姓埋名，暗中追查他们并希望得到解药。后来，他冒充江户川柯南寄居在女友小兰家里，并和她的父亲毛利小五郎一起追查黑衣人的下落。柯南在小学时认识了步美等小学生，一起组织少年侦探团，向罪犯宣战。阿笠博士为他度身打造了很多间谍武器。